破壊された当時の形を保ったままの保存という特徴を持つ建造物である（但し、崩落や落下の危険性のある箇所は保存工事の際に取り除かれている）。定期的な保存作業が行われてはいるものの、年々風化が進んでいる箇所も確認されており、保存に非常に困難な面がある事は否めない。
また地震の多い日本の地理的特徴の点から、大型地震に対しての耐震性を考慮した保存工事が行われてはいる。しかし、あくまでも理論上の数値に基づいての耐震工事しか行われておらず、地震による崩落の危険性を常に抱えている[5]。
危機遺産への登録問題
2006年、周辺の緩衝地帯で高層マンション建設が進んでいることが発覚。周辺の景観が破壊され、同様の景観問題を抱えていたケルン大聖堂のように危機遺産へ登録されてしまうのではないかと心配されている（ケルン大聖堂の危機遺産リスト登録は2006年をもって解除）。しかし、原爆ドームは負の世界遺産であり、原爆ドームの存在が都市の発展を阻害するのはむしろ本末転倒ではないかという声もある。
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広島電鉄の沿線案内を巡る出来事 [編集]
2007年7月28日、報道によると、広島市内で路面電車を運営する広島電鉄が、同社の電車内に、原爆ドームと厳島神社を並べて紹介した沿線案内を掲示し、「広島が誇る世界遺産」として紹介したところ、利用者や被爆者から抗議が複数件寄せられ、撤去していたことが判明した[6]。同社では「原爆の惨禍を後世に伝えているという点で誇り、という趣旨だったが、誤解を招く表現だった」と釈明したが、被爆者からは、「同じ世界遺産といっても、原爆ドームと厳島神社とでは質が違っており、一括りに『誇り』として表現するのは乱暴」との批判が出ている。