異なる教説の間の対立は、すでに初代教会にはじまったとする見解がある。使徒行伝にある「やもめの食事の配分のこと」に関するエルサレム教会でのヘブライストとヘレニストの対立の記事は、そのような教義上の対立の痕跡を留めているとの解釈がある。またパウロ書簡にはたびたび分争への警告がなされている。（後）パウロ書簡である『コロサイ書』および『テトスへの手紙1』などには、非正統的教義を信奉するものへの警告がなされている。伝承では『テトスへの手紙1』に登場するニコラオは、使徒行伝にある執事ニコラオと同一視され、彼が一派を起こして独立し、異端となったものだとする（黙示録2:15）。
異端反駁は、異教反駁と並び、初期の教会著述者の大きな主題のひとつであった。当時の異端派についての研究は、そのような著述家による引用に多くを負っている。キリスト教教義とその文書は、異端とされたそのような説への反駁によって形成され洗練されていったという側面ももっている。対立点は、救いの条件、洗礼の方式、キリスト理解、ユダヤ教との関係、個人の罪と赦し、聖霊についての理解、教会論など多岐にわたった。教会組織において、統制のためいくつかの説またその信奉者が「異端」とされ、異端とされた説を教会で教えることや、異端の者が教会の公的な礼拝に与ることが禁止された。異端者とその取り扱いについての規定は、最古の教会法文献である『ディダケー』（1世紀）にすでに記載されている。教会組織が成熟していくにつれ、異端の判断は教会高位聖職者が組織的決定として行うようになっていく。
はじめキリスト教が非公認の宗教であった時代には、これらの相反する教義間の対立はそれほど大きな社会的問題にはならなかった。しかし、キリスト教が公認され、信者が公に活動をはじめると、異なる教説を奉じる者の間の対立は大きく、教会人事に影響を及ぼすにとどまらず、教会外で騒乱を起こすまでになった。最初の公会議である第1回ニカイア公会議が皇帝の主宰で開催されたのは、アリウス派とアタナシウス派を中心としたこのような状況を打開するためであった。結果的に、アリウス派が「アナテマ」（呪い、異端の意）を宣告され、教会から追放されたが、事態が収拾されるまでには数十年を要した。
その後も教会会議や公会議による異端説の追放が行われた。そのほとんどは現存していない。しかし一定の範囲で支持を得ている説が異端とされたときには、むしろ教会の分裂（シスマ）と呼ぶのがふさわしい状況が出来した。東方諸教会、正教会、カトリック、さらにはプロテスタントの区別は、こうした大きな集団の対立と、相互を異端として退けるなかから、生じてきたのである。
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異端を理由とした死刑は、西方教会で行われるようになり、アルビ派およびワルド派が出る中世盛期には、異端裁判所を設けた組織的な異端摘発が行われるようになった。当時異端審問に深くかかわったドミニコ会はこのため canis domini （主の番犬）の二つ名を追うほどになった。近世のスペインではレコンキスタ運動と融合し、異端審問が激しく行われた。異端審問はまた、カトリックと対峙したプロテスタント地域でも激しく行われた。いっぽう東方教会では、一般に、異端者は教会から追放され結果として社会的制裁を受けるにとどまり、西方のような組織的な異端摘発がなされることはなかった。